「公開日：2014.2.19」らしいので、本当に今更気付いたというだけのことなのですが。バージョン3になっても“Cat System 3”になるわけではないのですね(笑)
ぱっと見たところの改良点は、デバッグ系の機能がかなり強化されているということ、それとマスター作成用のバッチファイルが追加されたことでしょうか。MakeInt.exeなんかはver.2.01でも含まれていたのに、説明がなくて試行錯誤されていた方がいたような。親切でいいですね。
少し残念なのはマニュアルが同梱されずにオンラインのみになったこと。最近は「古くて実際と乖離しているマニュアルを含めるのは罪」なので常に最新版が読めるようオンラインマニュアルのみ公開、という風潮がある気がしますが、オンラインマニュアルは突然見られなくなることもあり得るので、個人的にはそのバージョンの時点でのマニュアルを同梱しておいてほしいかな、と思います。（自分で保存しておけばいいのですが）
あと、どうでもいいことですが、IE9だとダウンロードボタンが見えない(！)という。ちょっとソースを覗いてみると、CSS3のグラデーション背景＋白文字になっているようです。
.TopEntryButton {
padding: 16px 80px;
color: #fff;
font-size: 24px;
background: -moz-linear-gradient(top center, #b5db0a 0%, #a4c412 100%);
background: -webkit-gradient(linear, center top, center bottom, from(#b5db0a), to(#a4c412));
background: linear-gradient(top center, #b5db0a 0%, #a4c412 100%);
-moz-border-radius: 36px;
-webkit-border-radius: 36px;
border-radius: 36px;
}
(http://cs2.suki.jp/css/main.css より引用)
この表の示すように、きちんと3つの書式で書いてありますが、IE9はどれにもあてはまらず白背景になってしまう、ということのようです。
まあIE11にアップデートしないこっちが悪いんですがね。